Moje heterodoxní cesta

Řeknu to s povzdechem
Někde od věků a věků:
Dvě silnice se rozcházely v lese a já -
Vzal jsem toho,
A to všechno změnilo.

Robert Frost

Narodil jsem se jako ortodoxní vědec, vyskočil jsem na dopravní pás konvenčního akademického slibu. Moje máma byla renomovaný molekulární biolog a mentor kdo živil mou vědeckou zvědavost od mládí, kdo vysvětloval buňky, když jsme seděli kolem jídelního stolu, kdo mi vyprávěl příběhy o fotosyntéze katalyzující přeměnu oxidu uhličitého na cukr a kyslík, když mi bylo pouhých 5 let.

"Co je oxid uhličitý?" zeptal bych se.

"Skvělá otázka!" vykřikla moje máma s nakažlivým nadšením. "Celý vesmír, vše, co můžeš vidět, cítit a čeho se dotknout, se skládá z atomů..." Popadla mě za paži a řekla "Když si přiblížíš svou kůži, zjistíš, že je tvořena živými bublinami zvanými buňky. Když přiblížíš buňky, uvidíš, že se skládají z ještě menších věcí, kterým se říká molekuly - tuky, bílkoviny, cukry, ty z nich vidíš tvořené molekulami nukleových kyselin - bloky nukleových kyselin. Oxid uhličitý je molekula složená z jednoho atomu uhlíku a dvou atomů kyslíku, většina vzduchu, který dýcháme, je tvořena oxidem uhličitým...když dýcháme, dýcháme kyslík, a když vydechujeme, vydechujeme oxid uhličitý...“ Pokračovala a propojila vzduch, který vydechuji, se vzduchem, který rostliny vdechují do cereálií.

Stačí říct, že jsem se narodil s tak syrovým vědeckým privilegiem skvělé matky, že jsem si ve škole vedl dobře. Miloval jsem všechno, co jsem studoval, vystudoval jsem dva tituly – biologii a aplikovanou matematiku – a téměř jsem měl vedlejší obory chemie a psychologie. Dělal jsem výzkum jako vysokoškolák a byl jsem přijat do prestižního programu National Science Foundation Graduate Research Fellowship Program. Přihlásil jsem se na mnoho doktorandských programů a byl jsem přijat na Harvard, Stanford, Princeton a další. Získal jsem doktorát z Princetonu během 4.5 roku studia u slavného poradce – Dr. Simona Levina – a pokračoval jsem v postdoktorandském stipendiu na Duke University.

Pokračoval jsem po cestě akademické ortodoxie a pracoval jsem na týmu financovaném DARPA, který studoval přelévání netopýřích virů od roku 2017. Pomohl jsem týmu, se kterým jsem pracoval, napsat úspěšný grant DARPA PREEMPT zaměřený na předpovídání přelévání netopýřích henipavirů a předcházení vzniku těchto nebezpečných virů. Publikoval jsem články, vyvinula nové a inovativní metody na hranicích jak matematiky, tak biologie. Sledoval jsem petrklíčovou cestu směřující přímo do sálů akademie lemovaných portréty minulých akademiků, s velkými nadějemi na svůj vlastní portrét na konci sálu.

To bylo tehdy. Ortodoxní cesta, na kterou jsem se v roce 2019 díval, je nyní zahalena mlhou, královské síně a portréty pohlcují plameny, akademický sen je mrtvý.

Co se stalo? Kde jsem se to zvrtla?

V jakém bodě jsem se vydal po méně projeté cestě?

Moje heterodoxní hříchy

Jako vědec si nemohu pomoci, ale rozčlením to, co jsem pozoroval, do řady konkrétních jednotek času a kauzality, událostí, jejichž záhadám a důvodům doufám porozumím. Pokud chápu každou událost jednotlivě, možná celá ta změť událostí může dávat větší smysl.

Pandemie Covid-19 byla začátkem konce mého ortodoxního sebeobrazu. Řada událostí začala odhalovat, že nejsem konvenční, a při těchto událostech jsem si nejen uvědomil, že nejsem konvenční, ale také jsem si uvědomil, že akademie je nelaskavá k nekonvenčním. Níže jsou uvedeny zajímavé události, nekonvenční postoje, které jsem zaujal, a léčba, které se mi dostalo.

Předpovídání pandemie

Koncem ledna až začátkem února 2020 jsem analyzoval míru růstu případů ve Wu-chanu, kazuistiky s vysokou mírou falešně negativních testů PCR, klasickou bavorskou případovou studii přenosu s nespecifickými příznaky a další, a dospěl jsem k přesvědčení, že pandemie je nevyhnutelná. Moje odhady míry růstu případů byly mnohem rychlejší a mé metody se lišily od konvenčních metod, protože jsem měl zkušenosti s odhadováním rychlosti růstu zásob metodami, které se běžně nepoužívají v epidemiologii. Rychlejší tempo růstu případů vedlo k odhadům vyšší prevalence, zvýšení důvěry ve větší subklinický ledovec případů, posunutí odhadovaného data vypuknutí epidemie v místech spojených s Wu-chanem, snížení pravděpodobnosti, že screening cestovatelů zastaví pandemii, a zvýší pravděpodobnost pandemie.

Pokusil jsem se podělit se o své poznatky o 2-3denním zdvojnásobení s akademiky v mém týmu DARPA PREEMPT, ale jeden profesor z Oxfordu mi památně řekl, že na mě nemá čas a jednoduše řečeno, má mnohem větší důvěru v týmy z Harvardu, Imperial College London a London School of Hygiene and Tropical Medicine než „postdoktor v Montaně“. Všechny velké instituce odhadují časy zdvojnásobení 6.2 dne, nízké subklinické frekvence a vysoké šance na úspěšné zadržení, takže jen na základě jejich pověření on – můj vlastní týmový kolega – neměl čas na mou heterodoxii. Ostatní na mé oběžné dráze byli podobně averzní, přičemž jeden profesor tvrdil, že pokud se podělím o své výsledky a mýlil jsem se, mohlo by to zachytit Fox News, spustit samolibost a mohl bych být přímo zodpovědný za miliony úmrtí.

V tomto jediném případě jsem se rozhodl ponechat svá zjištění v soukromí. Toto jsou varování, která svět nikdy neslyšel, heterodoxní Cassandra řekla, že nejsou epidemiolog a byla nucena zůstat ve svém pruhu. Namísto toho, aby tato zjištění informovala lidi o blížící se pandemii, byla použita k tomu, aby pomohla hedgeovému fondu zkrátit trh.

The Influenza-like Illness (ILI) Paper

Protože jsem věřil, že existuje vyšší prevalence a rychlejší tempo růstu, předpokládal jsem, že do března až dubna 2020 dojde k nárůstu pacientů vyhledávajících péči ve velkých metropolitních oblastech USA, jako je NYC. V důsledku této matematické předvídavosti jsme Justin Silverman, Nathaniel Hupert a já drželi palce a sledovali jsme nemoc, která byla v CDC u pacientů s primární péčí o chřipce, kteří hlásili pacienty s primární chřipkou. chřipce podobné onemocnění (ILI).

Zjistili jsme masivní nárůst pacientů v březnu 2020. Převedli jsme tento nárůst ve zlomku pacientů s ILI na odhad hrubého čísla: 8 milionů nadbytečných pacientů, mnohem více než <100,000 XNUMX případů zdokumentovaných v té době. Náš papír byl vybral Jedno Ekonoma okamžitě na nás zaútočili kolegové vědci (ne náhodní trollové), kteří nás obvinili z narušení zprávy o veřejném zdraví, minimalizace Covidu (pro více případů znamenalo méně úmrtí na případ) a z vyvolání sebeuspokojení. Dokonce i na mém vlastním pracovišti šli někteří vědci, kteří mě odrazovali od sdílení mých zjištění z února 2020, ještě dále a začali se hromadit na Twitteru nebo dokonce na našich kanálech Slack a nacházeli mnoho příležitostí, jak mě kritizovat nebo mařit mé snahy patřit do vědecké komunity.

Předpovědi na podzim 2020

Podle mé teorie, teorie, která předpovídala pandemii a nárůst v březnu 2020 s 2denním zdvojnásobením doby přijetí na JIP u poskytovatelů v New Yorku, bylo pravděpodobné, že nárůst v březnu až dubnu 2020 v New Yorku skončil kvůli vyčerpání vnímavé populace, stavu populace, který jsme před COVIDem označovali jako „imunitu covid“.

Pokud by to byla pravda, pak bychom byli schopni porovnat budoucí ohniska s ohniskem v New Yorku a zjistili bychom, že budoucí ohniska zaznamenaly vrchol případů s úmrtností obyvatelstva podobnou NYC. Jutsin Silverman a já jsme vyvinuli řídicí panel, který bychom použili ke sledování ohnisek pro srovnání s NYC křivkou, a v létě 2020 jsme viděli mnoho nezmírněných ohnisek potvrzujících „The NYC Line“. Porozumění níže uvedeným obrázkům nějakou dobu trvá, ale v podstatě se jedná o časové řady časový rozsah zátěže, což nám umožňuje porovnávat při podobné zátěži rychlost růstu ohnisek, která se odehrávají v různých datech.

V srpnu 2020 jsem tato zjištění sdílel s prognostickým týmem CDC a poskytl kontext pro budoucí ohniska – pokud by epidemie v USA dosáhly vrcholu s 1 úmrtím na 1,000 2020 obyvatel, moje teorie vyvinutá od února XNUMX by poskytla vysvětlení proč: stádová imunita.

Ohniska na podzim 2020 ve Spojených státech všeobecně potvrdila „NYC Line“ jako horní kvantil intenzity propuknutí (jak rychlosti, tak zátěže), zejména těch propuknutí ve státech nebo okresech, které pro zmírnění šíření Covid-19 neudělaly příliš mnoho.

Udělal jsem hezké obrazce, které tento nález krásně osvětlovaly. Nicméně na podzim roku 2020 Velká Barringtonova deklarace (GBD) bylo napsáno s poukazem na to, že naše modely mohou nadhodnocovat závažnost pandemie (což moje zjištění také naznačují) a zásady omezování mohou způsobit škody. Zatímco GBD byla nazývána strategií „stádní imunity“, autoři se nezmínili o stádové imunitě, i když osobně se domnívám, že epidemie na podzim 2020 dosáhly vrcholu kvůli stádní imunitě, jak dokazuje jejich konvergence s linií NYC. Níže je odvozený fázový diagram všech více než 3,000 XNUMX propuknutí epidemií v amerických okresech směřujících k jejich vrcholům pod linií NYC dlouho předtím, než vakcíny dorazily, a se zátěží mnohem nižší, než jsou konvenční odhady označené přerušovanou čarou.

V říjnu 2020 můj postdoktorský poradce požadoval, abych své poznatky nesdílel. Bála se, že moje tvrzení o imunitě stáda by mohla narušit její vztah se státní vládou, protože státní vláda jí dávala 1 milion dolarů, aby provedla testovací a sledovací experimenty na populaci kampusu, experimenty, které podle mé teorie nebyly potřeba. Podle mé teorie by státní vláda měla přidělovat zdroje kmenovým a venkovským komunitám, které nemají společné bydlení a přístup k péči, a ne si pohrávat s experimenty s karanténou vysokoškolských studentů.

Kvůli těmto neshodám jsem opustil svou pozici na Montanské státní univerzitě a nakonec jsem čerpal z lekce, kterou jsem se naučil z Covid short: pokud něco vidět a něco říct v rámci mých odborných znalostí odporuje konvencím, pak bych se raději podělil o svá zjištění a byl kritizován, než abych nesdílel svá zjištění a sledoval, jak svět trpí v nepřipravené nevědomosti.

Obrana Johna Ioannidise

Dr. John Ioannidis je uznávaným profesorem na Stanfordu. Na začátku pandemie Covid-19 napsal články, v nichž tvrdil, že jsme se rozhodovali tváří v tvář nejistotě, že naše zásady mohou způsobit škody a pandemie nemusí být tak špatná, jak předpovídaly konvenční týmy.

Dr. Ioannidis se na Twitteru stal terčem kritiky hlasitých akademiků. Tito akademici věřili, že Ioannidis byl minimalizátor, a při každé příležitosti ho kritizovali.

V jednom okamžiku Dr. Ioannidis publikoval článek se zjištěním, že akademici s mnoha příznivci Twitteru ve skutečnosti nemají tolik článků nebo citací; jinými slovy, lidé, kteří se na Twitteru soustředí jako „experti“, ve skutečnosti nemusí být těmi nejlepšími lidmi, kteří by měli konzultovat odbornost. Dr. Ioannidis publikoval noviny s twitterovými klikami a mnoho akademiků zahájilo křížovou výpravu s tvrzením, že publikování papíru s twitterovými klikami je neetické, porušení pravidel IRB a forma obtěžování, která by mohla vést k terčům vědců.

Nesouhlasil jsem. Tvrdil jsem, že toto pravidlo bylo vymyšleno – kliky na Twitteru jsou veřejně dostupná data a není potřeba, aby IRB analyzovala a publikovala data ve veřejné doméně. Navíc mnoho stejných lidí, kteří kritizovali Johna Ioannidise za obtěžování vědců, široce sdílelo a podporovalo skupinu MIT, která publikovala rukojeti, které označili za „antimasku“. Argumentoval jsem tím, že pokud se zde jedná o nějakou etiku, je to selektivní vynález pobouření výzkumné etiky k útoku na Ioannidise a pochybná etika vědců, kteří skupinám lidí, které ve svých diagramech vybarvují jako antimasky, připojují hanlivé nálepky jako „antimaska“.

Slábnoucí imunita

Podle hypotézy, že ohniska na podzim 2020 dosáhla vrcholu na prahu imunity stáda, jediný způsob, jak můžeme vysvětlit následná ohniska, je kombinace slábnoucí imunity a imunoenikace.

Krátce jsem se dotkl svých nohou na cestě ortodoxie při práci s týmem na London School of Hygiene and Tropical Medicine, když dávali smysl první variantě zájmu, Alfě. Pracoval jsem v hedgeových fondech analyzujících SPAC (speciální akviziční společnosti, v podstatě private equity nástroje pro IPO) a poskytoval malá „IPO“ nebo „počáteční fylogenetické pozorování“ analýzy přenosnosti B.1.1.7.

Podle mé teorie bychom však očekávali, že Alfa způsobí větší vlny v místech s dřívějšími ohnisky, pravděpodobně v místech, která měla na podzim 2020 nižší vlny. Přesně to jsme viděli a poskytlo to důkaz slábnoucí imunity.

Bohužel, slábnoucí imunita byla v době tohoto objevu považována za dezinformaci, protože slábnoucí imunita implikovaná vakcínou vyvolaná imunita může slábnout. Pokud přirozená imunita a imunita vyvolaná očkováním slábne, pak bychom očekávali, že v USA zaznamenáme prudké nárůsty možná 6 měsíců po vypuknutí na podzim 2020 a přenosová rychlost v těchto následných ohniscích bude nejvíce negativně spojena s kumulativní zátěží v těchto ohniscích a nebude mít žádnou negativní korelaci s mírou očkování. V červenci 2021 jsme to skutečně viděli.

Pokud imunita slábne, změní se poměr nákladů a přínosů politiky nařizující vakcíny. Dalo by se ospravedlnit povinné očkování, pokud by epidemie na podzim 2020 nebyly přirozenými prahovými hodnotami stádní imunity a imunita neochabovala. Naneštěstí z mého teoretického pohledu bylo pravděpodobné, že propuknutí na podzim 2020 dosáhlo vrcholu na přirozených prahových hodnotách stádní imunity a imunita slábla, což zpochybnilo moudrost nařizovat vakcíny, které nesou určitá rizika a nezabrání budoucím infekcím.

Nakonec v srpnu 2021 CDC zveřejnilo zjištění o vypuknutí epidemie v Provincetownu, které prokázalo nesporné důkazy o 100% vyhýbání se imunitě, kde pacienti s vakcínami měli stejný výskyt jako pacienti bez vakcín.

Stejná teorie o přirozených prahových hodnotách imunity stáda na podzim roku 2020 a úniky imunity v Deltě vedly k teorii, že budoucí ohniska budou mít charakteristická časová měřítka, protože vyčerpají vnímavé populace v relativně nezmírněných vzplanutích, které se rozhoří populací, jejíž imunita slábla. Nahoře vidíme vypuknutí Omikronu v jihoafrických provinciích definujících charakteristické časové horizonty propuknutí Omikronu ve státech USA, což opět potvrzuje tuto teoretickou cestu, kterou jsem šel.

Covid Origins

Připomeňme, že před Covidem jsem studoval přelévání patogenů z netopýrů na lidi a statistické metody pro připisování patogenů hostitelům nebo zdrojům. Jakmile jsem skončil s prognózami propuknutí, vrátil jsem se k otázce přelévání patogenů, přisouzení tohoto biologického činitele zdroji, odkud pochází.

Četl jsem literaturu a zjistil jsem, že chybí, že dělám netypicky silné závěry na základě chybných údajů, chybných analýz nebo neopodstatněných předpokladů. Napsal jsem článek, který kritizuje jeden článek, Pekar a kol., a tvrdí, že dvě velké větve na základně evolučního stromu SARS-CoV-2 jsou důkazem dvou přelévaných událostí. Ukázali jsme, že metody autorů neodůvodnily jejich závěry a navíc vyloučily sekvence, které znehodnocují jejich předpoklad dvou velkých větví na základně evolučního stromu SARS-CoV-2. To rozzlobilo zastánce zoonotického původu a postavilo mi cíl na záda – prohlédněte si komentáře našeho předtisku, abyste nahlédli.

Daleko heterodoxnější byla další práce, kterou jsem pomáhal psát s Valentinem Bruttelem a Tonym VanDongenem. Laboratorní teorie původu se točila kolem furinového štěpného místa, o kterém se předpokládá, že bylo vloženo, ale pro vložení furinového štěpného místa do koronaviru by bylo potřeba vytvořit kopii DNA viru. Našli jsme důkazy v genomu SARS-CoV-2 konzistentní s dominantními metodami vytváření kopií DNA koronavirů.

Toto také zachytil The Economist jakož i Telegraf a další. V každém případě však tyto časopisy zvýšily polemiku vytvořenou strážci ortodoxie, z nichž všichni mají úzké vazby buď na Wuhanský virologický institut, o němž se předpokládá, že tuto práci provedl, nebo na NIAID, americkou agenturu pro financování zdravotnictví, o které se zjistilo, že v roce 2019 financovala přesné výzkumníky, kteří navrhli vložit místo štěpení furinu do kopie DNA viru SA2018 v koronahanu SAXNUMX.

Můj trest

Zatímco nedávné důkazy potvrdily naši teoriiPodobně jako ukázkové důkazy potvrdily mou teorii o vypuknutí Covidu a prahových hodnotách imunity stáda, nezdá se, že by potvrzení bylo dostatečné k tomu, aby umožnilo návrat do akademie. Toxický tón neshod, pošramocené ega profesorů zvučných jmen, u nichž se ukázalo, že se mýlili samotná data, vytvořily komunitu toxické, rozhořčené ortodoxie. Pro hříšníka, jako jsem já, není naděje na opětovné přijetí, protože po dostatečných bitvách a pošramocených egech bude v každém výboru, každé redakční radě, každé konferenční radě někdo, koho jsem urazil svou heterodoxií.

Nyní, při střetech s ortodoxními akademiky, kteří se zoufale snaží bránit svou půdu před ohromujícími hordami dat a důkazů, jsem označen šarlatovou abecedou heterodoxie. Antivax, Brownstone Boy, minimalizátor Covid, Denialist a tak dále. Jsem v očích mnoha vyvrhelů, protože jsem měl vhled objevovat věci a odvahu stát za svými objevy. Jen málo věcí zhorší ego rozhořčeného seniora víc než to, že se junior odmítá podvolit, je to, jako bych byl viněn za zlomeninu boxera v pěstech těch, kteří do mě udeřili.

Chtěl jsem se o tuto cestu podělit pro budoucí vědce, kteří se dívají dopředu na svou kariéru a nejsou si jisti, kterou cestou se vydat. Na rozcestí, na které jsem narazil zde, narazí jiní. Můžete najít něco, něco jedinečně viditelného pro někoho se svými odbornými znalostmi, a můžete se setkat se vším, od odrazování a doporučení nesdílet svou práci, až po naprosté nepřátelství, a pokud sdílíte svou práci, odcizení od lidí, o kterých jste si kdysi mysleli, že jsou vašimi kolegy nebo přáteli.

Uvidíte znamení, která vás nasměrují k ortodoxii. Budete se dívat dolů do ubohé, hnisající, trnité houštiny kontroverze po cestě heterodoxie a můžete být pochopitelně v pokušení nesnést Scarlet H. Pokud se snažíte udržet si kariéru tak, jak jste si ji vždy představovali, pokud hledáte pohodlí a kolegialitu, pak v žádném případě nevystrkujte krk, nedělejte nic kontroverzního a nekritizujte lidi, kteří mají moc a nikdy neokupují. Svůj portrét můžete vyzdvihnout na chodbách budovy a nikdy nepoznáte nic jiného než lásku k budově, která vás zahrnuje, nebo alespoň vaši verzi, která se rozhodla nedělat nic kontroverzního.

Můj odchod ze sjezdové cesty ortodoxie a můj výstup do vyčerpávajících kopců heterodoxie skutečně udělaly velký rozdíl. Ve svém srdci jsem stále matčino dítě zvědavé na oxid uhličitý, fascinované fotosyntézou, v úžasu z atomů.

Tím, že jsem šel cestou heterodoxie, byl jsem poškrábán a pohmožděn, bit pěstí a kopán, bit a obtěžován, umístěn na digitální pranýř a do obličeje mi házeli urážky. Udělal bych to všechno znovu, protože pouze na této cestě objevíte, kdo jste. Časem najdete další, kteří byli také dostatečně odvážní, aby si za svými zásadami stáli, a jediný heterodoxní přítel je mocnějším spojencem než 100 ortodoxních kolegů. Zde na větrném a deštivém vrcholu heterodoxie najdete komunitu těch nejskvělejších myslí, opravdových přátel, kteří upřednostňují sounáležitost před vírou, a naučíte se smát, když vás někdo bije pěstí, zesílí, když vás napadají, milovat, když vás nenávidí.

Vysilující vzestup heterodoxy bych nedoporučil kolegovi, ale pouze těm nejsilnějším, nejbrilantnějším, nejautentičtějším a nejodvážnějším přátelům. Pokud dokážete přežít výstup, pak na druhé straně objevíte své přednosti a budete prosperovat.

Můžete být opovrhováni opovrženíhodnými lidmi, kteří vás považovali za užitečné, když jste utvářeli svou duši tak, aby odpovídala jejich uchopení, ale také vás budou obdivovat obdivuhodní heterodoxní vědci, kteří přišli před vámi. Budete milováni a respektováni v rozmanité komunitě autentických, nespoutaných duší, a i když s tím nesouhlasíme, uděláme to zdvořile a způsobem, který zajistí, že budete stále patřit do naší komunity, protože jen málokdo rozumí sžíravosti netolerance lépe než ti z nás, kteří jsme byli vyhoštěni do tohoto heterodoxního města na kopci.

Znovu publikováno od autora Náhradník